মানিকপুর ইউ/পির আওতাধীনে এন.জি.ও প্রতিষ্ঠান মাত্র ৩ টি ।
১। নাম: সীমান্তিক
অবস্থান : কালীগঞ্জ বাজারের পশ্চিম উত্তর পাশে অবস্থিত।
২। নাম :এফআইভিডিবি
অবস্থান : খলাদাপনিয়া গ্রামের পাশে।
৩। নাম : ব্রাক অফিস
অবস্থান : খলাদাপনিয়া গ্রামের ইছামতি আলীয়া মাদ্রাসার পশ্চিম উত্তর পাশে অব্থিত।
পরিকল্পনা ও বাস্তবায়নে: মন্ত্রিপরিষদ বিভাগ, এটুআই, বিসিসি, ডিওআইসিটি ও বেসিস